京都では、八月十八日の政変により、長州藩は京都から追放される。晋作は奇兵隊総督罷免後、山口で奥番頭役(世子公内用掛、世子公夫人裏年寄)を命じられていた。京都より政変の知らせが届き、今後の対応について藩内は紛糾する。この一大事に防長一丸となって対応するため、晋作は岩国領の吉川経幹に、山口に来るよう催促するための使者を命じられ岩国に赴く。しかし、吉川は痔を理由に晋作に会おうとせず、仕方なく山口に戻っている。
遊撃隊の来島又兵衛らは、京都への進発も辞さぬ強行姿勢を取っており、晋作は世子より進発派の説得に向かう。来島に親書を渡して説得を試みるが、来島は説得に応じようとはしない。説得は不可能と判断した晋作は、在京の桂や久坂、宍戸らと相談するために脱藩して上京する。京都で、桂や久坂、宍戸らに遊撃隊の状況を説明。彼らも進発には反対の意見であった。その後、山口よりの使者が世子の親書を持参して、晋作の帰郷を促した。長州へ戻った晋作は、脱藩の罪で野山獄に投獄される。
京都では、池田屋事件が勃発。吉田稔麿ら多くの志士が殺される。この事件が進発派の怒りに火をつけ、禁門の変に突入する。進発した遊撃隊をはじめとした諸隊は、京都蛤御門付近で会津、桑名藩兵と衝突。一時は中立売門を突破して御所内に侵入するが、乾門を守る薩摩藩兵が援軍に駆けつけると形勢が逆転して敗退した。来島又兵衛、久坂玄瑞、入江九一、寺島忠三郎ら、多くの人材を失う事になる。
この事件により長州藩は朝敵となり、長州征伐へと発展してゆく。