禁門の変により、朝廷は長州藩追討令、幕府は征長令を発する。同時に長州藩主毛利隆親、世子毛利定広は、官位剥奪された。同月、英仏蘭米の四ヵ国の連合艦隊が下関を攻撃。海岸線の各砲台か破壊されるなど、手痛い損害が出て惨敗した。
長州藩は幕府の征長軍の来襲に備える為、四ヵ国と講和を進める。その使節として晋作に白羽の矢が立つ。晋作は、筆頭家老宍戸備前の養子宍戸刑部を名乗り、四ヵ国連合艦隊旗艦のユーライアラス号に乗り込んで、キューパー司令官との談判に臨んだ。イギリス側の通訳のアーネスト・サトウはこの時の晋作の様子を「魔王」と表現している。講和は連合国側の要求を受け入れて成立。晋作は何の反対もせずにほとんどの要求を受け入れたが、彦島の租借の件に関してだけは猛反対したと、交渉で通訳の任についていた伊藤博文が後に語っている。
度重なる敗戦を受けて、徹底恭順派と武備恭順派で意見が対立。井上聞多は、君前会議において武備恭順を提言して熱弁を振るうが、君前会議の帰り道に刺客に襲われて重傷を負った。同日、周布政之助が失政の責任を負って切腹し、徹底恭順を唱える保守派が実権を握った。
危険を感じた晋作は、萩を脱出して筑前に亡命。野村望東尼の平尾山荘に潜伏する。その間に保守派は三家老切腹、四参謀処刑、五卿の藩外退去など、幕府への徹底恭順を進めた。三家老切腹、四参謀処刑の報を知った晋作は、平尾山荘を辞して帰国の途につく。
下関に帰った晋作は、奇兵隊屯所を訪ね決起を促すが、時期が悪いと同意を得られなかった。なんとか遊撃軍と伊藤俊輔の力士隊の計80人の協力を得られた晋作は、功山寺にて挙兵する。長州藩の新地会所を襲い物資の調達を目論むが、新地会所から物資は運び出された後であった。有志により物資を調達した晋作は、集古隊、壮士隊、農兵隊、好義隊、盤石隊を指揮下に置き、三田尻の海軍局では「丙辰丸」など軍艦3隻を奪取した。